北京大学医院手术室位于医院A座地下一层，面积 732平方米。手术室拥有符合国家标准的洁净手术室3间。均采用国际先进的层流净化系统，其中百级净化手术间1个，万级净化手术间2个，洁净走廊及附属房间净化级别为十万级。

手术室备有中心供气装置及中心吸引装置。仪器设备包括：多功能麻醉剂、多参数监护仪、腹腔镜、宫腔镜手术系统、威力电刀、威力氩气刀、MAQUET手术床，MEDILAND电动液压手术床、吊塔、DRAGER 子母无影灯，其中一个无影灯具有监视录像系统，可作为临床教学使用。

手术室采用手供一体的管理设置，使手术室的术前器械准备更快捷，更高效，术后器械清洗流程更规范，更顺畅。

手术室在管理理念上体现人文关怀，手术室门外设有宽敞、明亮的病人家属等候大厅及沙发，为等候手术的家属提供舒适的场所。手术室内部设置背景音乐，舒缓的背景音乐可使病人精神放松，缓解紧张情绪。
手术室全体医护人员不断进取，日益革新，是一支思想开拓、业务技术过硬、责任心强、个人素质好的队伍。